Początki kultu Matki Boskiej w Świętej Lipce sięgają XIV wieku. Zgodnie z przekazem więziony w lochach kętrzyńskiego kościoła skazaniec dzięki pomocy Matki Bożej wykonał w drewnie Jej figurkę z Dzieciątkiem. Kiedy skończył został uwolniony, a rzeźbę umieścił na lipie przy drodze łączącej Kętrzyn i Reszel. Figura Matki Bożej z Dzieciątkiem zasłynęła licznymi cudami. W późniejszym czasie wokół lipy wybudowano kaplicę, którą zajmowali się księża krzyżaccy z Kętrzyna. W XV wieku do Świętej Lipki przybywali liczni pielgrzymi. Przyjechał tutaj nawet ostatni wielki mistrz krzyżacki w Prusach Zakonnych, Albrecht. W czasie reformacji kaplicę zniszczono. Aby odstraszyć pielgrzymów na jej miejscu postawiono szubienicę. Później rozpoczęto budowę nowej kaplicy, która została ukończona w 1619 roku. Odbudowaną kaplicę przekazano pod opiekę jezuitów. Wcześniej zaginioną cudowną rzeźbę zastąpiono obrazem Matki Boskiej Świętolipskiej. Do Świętej Lipki przybywali w tym czasie pielgrzymi z Warmii, Warszawy, Wilna, a nawet Lwowa. Do kaplicy przybył również królewicz Jan Kazimierz. Coraz liczniej napływający wierni nie mieścili się już w kaplicy i konieczne było wybudowanie kościoła. Bazylika Nawiedzenia Najświętszej Marii Panny w Świętej Lipce powstała z inicjatywy jezuitów w latach 1688-1693, a fasada została ukończona w 1730 roku.