Posiada status okręgu autonomicznego, w którym mieszkają wyłącznie mnisi prawosławni. Pozostała cześć półwyspu posiada standardowy status administracyjny.

Na cyplu znajduje się dwadzieścia głównych klasztorów. Pierwszy z nich został założony w 962 roku przez Św. Atanazego Atonitę. Na Górze Athos są usytuowane wszystkie rodzaje klasztorów prawosławnych – anachoretów lub eremitów, półeremitów (anachoretów żyjących w koloniach pustelniczych pod kierownictwem duchowym doświadczonego mnicha) i cenobitów (żyjących we wspólnotach). Cenobityzm stał się popularny na Wschodzie, gdy Św. Bazyli Wielki stworzył własne reguły. Przyjęta na Górze Athos reguła Św. Atanazego Atonity szła śladami Św. Bazylego i Św. Teodora Studyty, reformatora Kościoła. W XIV wieku na Świętej Górze wprowadzono ostatni typ klasztoru – typ zwany „idiorytmizmem”. Mnich idiorytmiczny jest w pewnym stopniu niezależny finansowo.  

Mnisi z Góry Athos są w znaczącym stopniu samodzielni administracyjnie. Podlegają patriarsze Konstantynopola. Na teren Republiki Teokratycznej nie mają wstępu kobiety. Również mężczyźni nie mogą „od tak” wejść na terytorium państwa mnichów. Rejs wzdłuż wybrzeża półwyspu jest jedynym możliwym sposobem zobaczenia pięknych i niedostępnych krajobrazów Świętej Góry. Płynąc statkiem, zobaczyć można monumentalną Górę Athos, pustelnie i okazałe monastyry. Klasztory są zabytkami najwyższej klasy, doskonałymi przykładami architektury bizantyjskiej, gdzie znajdują się cenne ikony, naczynia liturgiczne, zbiory książek.